南京医科大学儿科学院渊源于“江苏医学院”1953年成立的儿科学教研组，当时由我国现代儿科学创始人之一颜守民教授担任组长。颜守民教授是北京大学医学部、西安交通大学医学部、南京医科大学等校儿科学开创人，是我校迁址南京后的首任校长。他曾在德国柏林大学留学，归国后一直在医学院校和所属附院儿科工作，在国内享有盛誉。他创建了我国国立医学院校第一个儿科学教研室，发现了“初乳小体之二原性”，被誉为“颜氏小体”。主持召开全国儿科肾脏疾病科研协作组会议，协作组是全国儿肾学组雏形。
在颜守民教授的带领下，我校1958年开始招收五年制儿科专业本科生，1959年成立儿科系，是我国医学院校较早成立的儿科系之一。1962年招收儿科学硕士生，1965年成立儿科研究室，1981年获批儿科学硕士学位授予点，1988年获批儿科学博士学位授予点，1994年被评为省级重点学科，1999年授予“儿科学博士后流动站”，同年被列为江苏省重点课程。1999年学校根据教育部文件精神，撤消儿科系，成立了第二临床医学院，2007年学校根据发展需要又重组资源，成立第四临床医学院，招收五年制、七年制临床医学(儿科方向)学生。重视儿科学科发展，成立儿科学、小儿先心病2个儿科类校级重点实验室。除了儿科学省级重点学科以外，创建外科学(小儿心胸外科)、外科学(新生儿外科)、儿科学(新生儿)校级重点学科。
我校60余年来一直未中断儿科学专门人才的培养，颜守民、姜新猷、钱倩、陈荣华、陈士垣等一批儿科学知名教授薪火相传，学校自1958年以来共招收儿科专业人才2406名，已毕业1677名，其中本科生1334名，七年制及儿科学硕士生213名，儿科学博士生130名。
《教育部等六部门关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》指出，要重视和加大儿科等紧缺专业人才的培养。儿科学专业成为当今社会急需、就业率高、社会认可度高、关乎民生的重要专业。2018年3月，学校响应国家和社会需求，在原第四临床医学院儿科学系基础上，整合附属儿童医院、第二附属医院、附属妇产医院及第一附属医院的优质儿科资源，成立儿科学院。
儿科学为校级A类品牌专业，拥有1个国家临床重点专科，10个省级重点临床专科(学科)，1个省级儿科实践教学示范中心，1个省级儿科学重点实验室。学院儿科资源还是国家级儿科住院医师规范化培训基地、国家级儿童早期发展示范基地、中国出生缺陷干预救助示范基地、国家级药物临床试验基地，其中儿童生长发育、儿童眼保健为国家妇幼保健专科建设示范基地。
学院现有医护员工2598人，其中博士生导师18人，硕士生导师108人，在岗教授18人，副教授38人，博士93人，硕士517人，副高以上职称307人。教师队伍中，国家***基金项目获得者1名，江苏省特聘教授2人，南医大特聘教授4人，南医大名医3人。
学院招生专业层次齐全，当前培养五年制、七年制、5+3一体化、硕士生、博士生、博士后各层次儿科学生。本科生年招生约120人。研究生年招生约50人。目前在校儿科学生630人。我校一直注重儿科办学质量，近五年，我校儿科学专业毕业生就业形势良好，平均就业率为99.39%。儿科学专业毕业生国家临床执业医师资格考试平均通过率达88%以上，高于国家平均通过率近24个百分点。
学院重视国际交流，在儿科学系运行以来，已与美国韦恩州立大学医学院、美国南加州Allele Biotech、瑞典Umea大学护理学院、重庆医科大学等院校开展合作交流。
